อินโดนีเซียเป็นประเทศที่มีฝนตกชุก โดยเฉพาะในช่วงมรสุม การจัดการสวนผักให้รอดพ้นจากน้ำท่วมเป็นสิ่งสำคัญ เพื่อให้พืชเจริญเติบโตได้ดีและป้องกันการสูญเสียผลผลิต
การยกแปลงปลูกให้สูงกว่าระดับน้ำช่วยป้องกันรากพืชเน่าในช่วงที่น้ำขัง
การขุดร่องระบายน้ำรอบแปลงผักช่วยให้ดินไม่อุ้มน้ำจนเกินไปและลดการเกิดโรครากเน่า
การใช้ฟางข้าวหรือหญ้าแห้งคลุมดินช่วยป้องกันดินถูกชะล้างและรักษาความชื้นในช่วงฝนตกหนัก
ใช้ไม้ไผ่หรือดินพูนขึ้นเป็นคันกั้นรอบสวนเพื่อป้องกันน้ำจากภายนอกไหลเข้ามาท่วมแปลงปลูก
พืชที่สามารถเติบโตได้ดีแม้มีน้ำขังบางช่วง เช่น:
เพื่อป้องกันน้ำท่วมสวนผักในช่วงฤดูฝน เกษตรกรในอินโดนีเซียใช้เทคนิคการยกแปลงปลูก สร้างร่องระบายน้ำ คลุมดิน และเสริมคันกั้นน้ำ ซึ่งช่วยให้พืชสามารถเติบโตได้ดีและลดความเสียหายจากน้ำท่วม